1993年Matthew Gray开发了 World Wide Web Wanderer，这是第一个利用HTML网页之间的链接关系来检测万维网规模的“机器人（Robot）”程序。开始，它仅仅用来统计互联网上的服务器数量，后来也能够捕获网址（URL）。
1994年4月，斯坦福大学（Stanford University）的两名博士生，美籍华人Jerry Yang（杨致远）和David Filo共同创办了Yahoo。随着访问量和收录链接数的增长，Yahoo目录开始支持简单的数据库搜索。因为Yahoo！的数据是手工输入的，所以不能真正被归为搜索引擎，事实上只是一个可搜索的目录。雅虎于2002年12月23日收购inktomi，2003年7月14日收购包括Fast和Altavista在内的Overture，2003年11月，Yahoo全资收购3721公司。
1994年初，华盛顿大学（University of Washington ）的学生Brian Pinkerton开始了他的小项目WebCrawler。1994年4月20日，WebCrawler正式亮相时仅包含来自6000个服务器的内容。WebCrawler是互联网上第一个支持搜索文件全部文字的全文搜索引擎，在它之前，用户只能通过URL和摘要搜索，摘要一般来自人工评论或程序自动取正文的前100个字。
1994年7月，卡内基·梅隆大学（Carnegie Mellon University） 的Michael Mauldin将John Leavitt的spider程序接入到其索引程序中，创建了Lycos。除了相关性排序外，Lycos还提供了前缀匹配和字符相近限制，Lycos第一个在搜索结果中使用了网页自动摘要，而最大的优势还是它远胜过其它搜索引擎的数据量。
1994年底，Infoseek正式亮相。其友善的界面，大量的附加功能，使之和Lycos一样成为搜索引擎的重要代表。
1995年，一种新的搜索引擎形式出现了——元搜索引擎（A Meta Search Engine Roundup）。用户只需提交一次搜索请求，由元搜索引擎负责转换处理，提交给多个预先选定的独立搜索引擎，并将从各独立搜索引擎返回的所有查询结果，集中起来处理后再返回给用户。第一个元搜索引擎，是Washington大学硕士生 Eric Selberg 和 Oren Etzioni 的 Metacrawler。
1995年12月，DEC的正式发布AltaVista。AltaVista是第一个支持自然语言搜索的搜索引擎，第一个实现高级搜索语法的搜索引擎（如AND、 OR、 NOT等)。用户可以用AltaVista搜索新闻组（Newsgroups）的内容并从互联网上获得文章，还可以搜索图片名称中的文字、搜索Titles、搜索Java applets、搜索ActiveX objects。AltaVista也声称是第一个支持用户自己向网页索引库提交或删除URL的搜索引擎，并能在24小时内上线。AltaVista最有趣的新功能之一，是搜索有链接指向某个URL的所有网站。在面向用户的界面上，AltaVista也作了大量革新。它在搜索框区域下放了“tips”以帮助用户更好的表达搜索式，这些小tip经常更新，这样，在搜索过几次以后，用户会看到很多他们可能从来不知道的的有趣功能。这系列功能，逐渐被其它搜索引擎广泛采用。1997年，AltaVista发布了一个图形演示系统LiveTopics，帮助用户从成千上万的搜索结果中找到想要的。
1995年9月26日，加州伯克利分校助教Eric Brewer、博士生Paul Gauthier创立了Inktomi，1996年5月20日，Inktomi公司成立，强大的HotBot出现在世人面前。声称每天能抓取索引1千万页以上，所以有远超过其它搜索引擎的新内容。HotBot也大量运用cookie储存用户的个人搜索喜好设置。
1997年8月，Northernlight搜索引擎正式现身。它曾是拥有最大数据库的搜索引擎之一，它没有Stop Words，它有出色的Current News、7100多出版物组成的Special Collection、良好的高级搜索语法，第一个支持对搜索结果进行简单的自动分类。
1998年10月之前，Google只是斯坦福大学（Stanford University）的一个小项目BackRub。1995年博士生Larry Page开始学习搜索引擎设计，于1997年9月15日注册了google.com的域名，1997年底，在Sergey Brin和Scott Hassan、Alan Steremberg的共同参与下，BachRub开始提供Demo。1999年2月，Google完成了从Alpha版到Beta版的蜕变。Google公司则把1998年9月27日认作自己的生日。Google以网页级别（Pagerank）为基础，判断网页的重要性，使得搜索结果的相关性大大增强。Google公司的奇客（Geek）文化氛围、不作恶（Don’t be evil）的理念，为Google赢得了极高的口碑和品牌美誉。2006年4月，Google宣布其中文名称“谷歌”，这是Google第一个在非英语国家起的名字。Fast（Alltheweb）公司创立于1997年，是挪威科技大学(NTNU)学术研究的副产品。1999年5月，发布了自己的搜索引擎AllTheWeb。Fast创立的目标是做世界上最大和最快的搜索引擎，几年来庶几近之。Fast（Alltheweb）的网页搜索可利用ODP自动分类，支持Flash和pdf搜索，支持多语言搜索，还提供新闻搜索、图像搜索、视频、MP3、和FTP搜索，拥有极其强大的高级搜索功能。（2003年2月25日，Fast的互联网搜索部门被Overture收购）。
1996年8月，sohu公司成立，制作中文网站分类目录，曾有“出门找地图，上网找搜狐”的美誉。随着互联网网站的急剧增加，这种人工编辑的分类目录已经不适应。sohu于2004年8月独立域名的搜索网站“搜狗”，自称“第三代搜索引擎”。
1998年1月Openfind 创立，其技术源自台湾中正大学吴升教授所领导的GAIS实验室。Openfind起先只做中文搜索引擎，鼎盛时期同时为三大著名门户新浪、奇摩、雅虎提供中文搜索引擎，但2000年后市场逐渐被Baidu和Google瓜分。2002年6月，Openfind重新发布基于GAIS30 Project的Openfind搜索引擎Beta版，推出多元排序（PolyRankTM），宣布累计抓取网页35亿，开始进入英文搜索领域。
2000年1月，两位北大校友，超链分析专利发明人、前Infoseek资深工程师李彦宏与好友徐勇（加州伯克利分校博士后）在北京中关村创立了百度（Baidu）公司。2001年8月发布Baidu.com搜索引擎Beta版（此前Baidu只为其它门户网站搜狐新浪Tom等提供搜索引擎），2001年10月22日正式发布Baidu搜索引擎，专注于中文搜索。Baidu搜索引擎的其它特色包括：百度快照、网页预览/预览全部网页、相关搜索词、错别字纠正提示、mp3搜索、Flash搜索。2002年3月闪电计划（Blitzen Project）开始后，技术升级明显加快。后推出贴吧、知道、地图、国学、百科、文档、视频、博客等一系列产品，深受网民欢迎。2005年8月5日在纳斯达克上市，发行价为USD 27.00，代号为BIDU。开盘价USD 66.00，以USD 122.54收盘，涨幅353.85%，创下了5年以来美国股市上市新股当日涨幅最高纪录。
2003年12月23日，原慧聪搜索正式独立运做，成立了中国搜索。2004年2月，中国搜索发布桌面搜索引擎网络猪1.0，2006年3月中搜将网络猪更名为IG（Internet Gateway） 。
2005年6月，新浪正式推出自主研发的搜索引擎“爱问”。
2007年7月1日 全面采用网易自主研发的有道搜索技术，并且合并了原来的综合搜索和网页搜索。有道网页搜索、图片搜索和博客搜索为网易搜索提供服务。其中网页搜索使用了其自主研发的自然语言处理、分布式存储及计算技术；图片搜索首创根据拍摄相机品牌、型号，甚至季节等高级搜索功能；博客搜索相比同类产品具有抓取全面、更新及时的优势，提供“文章预览”，“博客档案”等创新功能。
